Высший орган управления ПИР-Центра – его Совет, объединяющий известных российских политологов, ученых, экспертов-международников, журналистов, общественных деятелей. Рекомендации членов Совета, их опыт и экспертные знания проблем, касающихся мировых тенденций развития неправительственного сектора в России и мире, оказывают неоценимую помощь в вопросах стратегического развития организации, а также вносит основной вклад в определение перспективных направлений научно-исследовательской деятельности ПИР-Центра.